1885年10月12日,清政府改台湾府为行省,命刘铭传为台湾巡抚。中法战争前,台湾作为一个道隶属于福建省。经过中法战争,台湾在东南沿海地区的战略地位进一步突出,清政府感到必须加强对台湾的统治。1885年10月,醇亲王等提出“台湾要区宜有大员驻扎”。10月12日清政府传旨,将福建巡抚改为台湾巡抚,福建巡抚事宜由闽浙总督兼管。并命刘铭传为首任台湾巡抚。刘铭传是中法战争中为保卫台湾作出巨大贡献的爱国将领。战争结束后,他留驻台湾。在经亲自勘测查访的基础上,1887年11月,他与闽浙总督联名向清廷提出新的台湾行政区划分方案,获得批准。方案是:在台中彰化地区,建立省城;增设台东直隶州;将基隆、澎湖、埔里社各海防重地,设置为厅,以重事权。官吏设置与大陆同。原设各级地方机构,多则裁,少则增,未设者设。因此,政区由二府三厅八县扩大为一州(台东直隶州)。三府(台湾、台南、台北)、四厅。