039B型艇长66米,艇高8.2米,其最大下潜深度300米。水下排水量2200吨,最大航速18节,如果以16节航速行进,最大航程为8000海里,自持力60天。039B采用双壳体设计,艇员编制38名。 039B型潜艇动力采用的是AIP系统,使用的是从瑞典引进的斯特林发动机,039B型装备的的斯特林发动机经过了大量的国产改进,其性能非常优秀,国产改进型斯特林发动机的功率可以达到163千瓦,属于世界先进水平,优秀的发动机可以充分满足039B潜艇水下缓慢航行和为主电池充电的要求。 039B型的武器装备包括鱼-6和大型线导鱼雷,重型线导鱼雷采用了三级调速,最高速度55节/射程39公里,最低速度30节时/60公里。鱼-6航速超过50节时射程仅仅为25公里。在039B上,还配备有俄制3M-54E反舰导弹和国产鹰击-18潜射巡航导弹,通过鱼雷管发射。