协议书在本质上也是合同的一种表现形式,只要内容符合法律规定,双方当事人有相应的民事行为能力,协议就有法律效力。如果是在签订合同后,双方又签订补充协议的,则补充协议视为对合同的修改和补充,协议是有效的,如果协议与合同有冲突的,则应以后签的协议为准。