石阵形成于侏罗纪时期,成型于新生代第四纪。彼时,北大山地区广泛发育山谷冰川,在大兴安岭的二级夷平面上,冰川对花岗岩的刨蚀和拔蚀作用下形成。冰川消退以后,原来的地形成为冰斗、冰蚀洼地、刃脊或角峰,单独或成排分布在北大山的脊上,形成了花岗岩石林的雏形