“阿合奇”系柯尔克孜语,意为白芨芨草。因阿合奇设治局初建时,治所在哈拉奇的阿合奇村而得名。阿合奇县位于西部天山南脉腹地,地处高寒山区,县境海拔在1730-5958米之间,地形特征呈“两山夹一谷”,全境均属山间河谷地带,90%为山地,有“九山半水半分田”之称。全县总面积约1.15万平方千米,东部与乌什县交界,东南与柯坪县相接,南、西南分别与巴楚县、阿图什市毗邻,北部及西部与吉尔吉斯共和国接壤,边界线长305.3千米。县城距乌鲁木齐市公路里程1180千米。