1937年南京沦陷,整个南京城都在逃命,电影开头用短短数个镜头交待了正在奔逃的五组人物,书娟三人,风尘女子十三钗,教会学生们,守护南京的李教官弟兄和美国人约翰。 此时,只有一座天主教堂暂时未被占领,李教官为了保护逃跑中的女学生,放弃撤离,与日军殊死抵抗,军人们用自己的命换来了女学生的命。教会学校学生、美国人约翰、秦淮河畔风尘女子,都先后进了教堂,在这个相对封闭的空间里,他们共同面对一场生死浩劫,产生了各种各样奇妙的感情。