莲花古寺坐落于东莞境内三大山脉之一,莲花山山脉之莲花峰正南侧,始建于清嘉庆二十五年(1820年),距今190年。相传,古时有真人陈、刘二仙云游至长安莲花山,见山脉昂向大海,卧尾成黄旗,大有蛟龙入海之象,又似莲花神立之形,便结庐清居,修行弘法。又传,天师赖布衣南游至此,见其圣脉,赞口不绝,又恐蛟龙入海,便插黄旗于尾,以留其久住于此,福佑莞邑百姓。自比以后,莞邑大地年年风调雨顺,兴旺繁荣。