在开元寺中轴线的两边,还有一些建筑群:东有由迦蓝祠改建的檀樾祠 ,纪念施主黄守恭。黄氏五安(南安、惠安、同安、安溪、诏安)后裔及海外紫云家族无不以此为荣。有俗称"小开元寺"的准提禅林,原供奉天台宗的准提菩萨;西有尊胜院,现已开辟一部分为弘一法师纪念馆,有水陆禅寺,以供寺僧栖息。