矮小症的病因包括:1、遗传因素。遗传性矮小在矮小症中占60%。2、遗传性疾病。比如染色体异常、特纳氏综合症等疾病可导致矮小症。3、内分泌因素。常见的是生长激素缺乏引起,包括完全性和部分性生长激素缺乏。4、性早熟可以直接导致身材矮小。