一般采用粪便还田和制沼气两种处理方式。粪便还田污水较少,是对鲜粪进行腐熟堆肥后施用,处理后的肥料含水量低、无臭味,属于迟效性肥料,使用安全方便;沼气是厌氧微生物(主要是甲烷细菌)分解粪污中的含碳有机物而产生的混合气体。养猪场粪便发酵的沼气是一种能源,可用于发电等、作燃气等。发酵后的沼渣还可作为肥料,沼浪可以排人鱼塘进行生物处理。