1862年(同治元年),陕西回民起事,多隆阿于十一月抵达潼关,次年二月攻占回军在同州的两个重要据点羌白镇和王阁村,九月攻占苏家沟和渭城湾,杀死叛军一万七、八千人。至此陕西回军被迫向甘肃撤退。1864年(同治三年)4月1日,多隆阿攻占盩厔,进城时遭流弹击中,延至5月18日伤重不治。赠太子太保,予一等轻车都尉世职,入祀京师昭忠祠,谥忠勇。