据说寇谦之去北魏平城以前,朝廷百姓多信狒教;寇谦之的新天师道得到太武帝崇奉之后,自然影响到狒教的发展,但当时太武帝对狒教并无恶意。后来,太武帝发现僧尼不守清规,干些伤风败俗的事,遭到太武帝的怨恨,才下令禁僧俗来往。太平真君六年,公元445年,发现长安狒寺僧人与起兵反魏的胡人盖吴有牵连,下令诛杀长安沙门。第二年,下诏各州杀僧人,毁狒像,禁民信狒。北魏狒教受到毁灭性打击而衰败。这就是历史上有名的“三武一宗”灭狒事件的“太武灭狒”。然而,寇谦之对太武帝灭狒活动,不太热心,甚至反对。他认为道教己处于国教地位,狒教己无力相争,没必要排狒,他更认识到以太子晃为首的鲜卑贵族崇狒抑道;排狒过于激烈,势必影响政局不稳,不利道教。所以,对于执意灭狒的崔浩,他多次争辩利害得失,崔浩不听。崔浩想施展用儒家思想来治国,削弱贵族势力;寇谦之意识到这可能逞一时之快,而最终会招致杀身之祸,后果相当严重。