1598年,12月,仍然留在朝鲜的日本残兵再次由乙山偷渡,但因为崖深而道浅,将士不敢进。结果陈璘在夜里潜入,向其连珠炮发,日军只得逃去,陈璘更领明军追击。 1599年四月,明军班师回朝,万历帝升座午门,接受都督邢玠等献上的日本俘虏六十一人,都"付所司正法",砍下来的敌人的头颅传送天下。同日,万历帝接受百官朝贺,祭告郊庙,把献祭祖先的果酒都分赐给了内阁官员们。次月,颁《平倭诏》诏告天下。