第二集中,尼奥的身体在真实世界中陷于昏迷,意识却被困在矩阵与真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂知道尼奥的情况后,找到了“火车人”的控制者梅罗纹,并从他的手上将尼奥救了出来。此时,哨兵大军对锡安发起了猛攻,人类组织所有机甲战士展开顽强抵抗,形势危在旦夕。尼奥和崔妮蒂驾驶飞船来到机器城市,终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受控制的史密斯,以换取锡安的和平。在矩阵当中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗...