杨乃武1840年出生于余杭县城,父亲杨仆堂以种桑养蚕为业,家道小康,生有两子一女。长子乃文早夭,女儿菊贞出嫁后不久丧夫,寡居娘家。杨乃武是家中的第二个儿子,所以人们称他为杨二先生。1860年杨乃武20岁时中秀才,1873年33岁时中举,也就是冤案发生的那一年。