在第一集之后,夜间警卫赖瑞随即以自己名字为品牌的手电筒赚了不少钱,再也什么都不缺,可是他总觉得心底身处有什么失落了,有个黑暗的阴影不断要拉他回到美国自然历史博物馆,也就是他人生一夕间改变的地方。一件大事突然发生,在那里他最喜欢的展览品,也就是他的好友,被认为已经不符合潮流所需,打包准备送进史密森尼博物馆的仓库。 它们的命运现在是未知数,赖瑞接到一通缩小模型牛仔杰迪·戴亚(欧文·威尔逊饰)紧急求援的电话,通知他这场将席卷而来的灾难。情况似乎是有新来的人,威胁到他们的生存,包括法老王(汉克·阿扎利亚饰),他已经郁闷了三千年之久。现在他和三个历史上最知名的人物伊凡大帝( 克里斯多弗·盖斯特饰)、拿破仑(阿兰·夏巴饰)与黑道头子艾尔卡彭(乔·博恩瑟饰),正筹划以启动地下世界的军团来接管整个博物馆、接下来是全世界。 赖瑞随即动身赶往华盛顿,他这次有了几个新朋友。