引起全身肌肉刺痛的原因主要有以下几个方面:1、患者自身的免疫系统疾病,影响到全身肌肉小血管的血液供应;2、交感或副交感神经的功能障碍造成的感受器敏感度的变化;3、肌肉本身存在疾病,这类患者多数需要做肌电图、肌酶、甲状腺功能和免疫指标的相关检查。