造成婴儿室间隔缺损的原因不明,可能是遗传原因,也可能因为遗传背景加上一些不良的环境因素。包括宫内感染、营养物质缺乏、母体有糖尿病、苯丙酮尿症、高钙血症等疾病、母亲有吸毒、酗酒、慢性缺氧等行为,还有可能服用有毒药物比如抗癌药,这些对先心病的发生都有一定的作用。