扁桃体炎可引起咽痛。因扁桃体为咽喉部的一部分且主要由三叉神经支配,与咽喉部类似,故咽喉部会疼痛。扁桃体发炎和上呼吸道感染症状类似,可能出现喉咙疼痛咳嗽咳痰,故难以区分。若为表面有脓性分泌物的化脓性扁桃体炎则较好区分,此外可通过血常规进行初步判断。