急性扁桃体有较为敏感的疼痛,需和疼痛发热的因素鉴别,最主要需和急性咽炎上呼吸道感染相鉴别,此外因扁桃体和牙靠的较近,也需和智齿冠周炎鉴别。疼痛在扁桃体周围会肿胀需要鉴别是否为扁桃体炎。儿童会出现胃肠道不舒服甚至恶心呕吐,故需和胃肠炎进行鉴别。