1949年,解放军和平解放新疆,新疆军区成立,甘祖昌担任后勤部副部长。当时,敌特支持投机倒把分子新疆扰乱物价,大肆垄断黄金银圆,妄图从经济上困死解放军,甘祖昌低价将银圆投入流通市场,打击奸商气焰,稳定市场,稳定新疆政局。其后,敌特分子为报复甘祖昌制造车祸,令他头部重伤。