争夺「圣杯」的「圣杯战争」再次在冬木市开战。前一次「圣杯战争」的参加者卫宫切嗣的养子・卫宫士郎继承他的遗志，加入战争。倾慕士郎的少女间桐樱在旁边陪伴他。「圣杯战争」开始后，发生了多宗杀人事件，冬木市的气氛变得不稳定。
