人称日本警察之救世主的高中生侦探工藤新一在与青梅竹马毛利兰去游乐园游玩时,不经意中发现了行踪可疑的黑衣人。于是工藤新一尾随跟踪,并目睹了黑衣人正在进行可疑交易。不料,却被另一名黑衣人在背后击晕,被强行灌下一种名为APTX-4869的毒药,致使身体变小。