长江江豚面临的威胁主要都来自于人类活动的影响。长江干流高密度、繁忙的航运输船只的噪音和螺旋桨成为江豚的最大威胁,洞庭湖区滥捕乱捞和非法渔具的大量使用、水质污染一些水利设施的建设等影响外, 湖区大量使用的定置网具,在枯水季节占据了大量水面。